玩家在完成主线剧情后可以探索多个岛屿，这些岛屿分布在关都地区以南的七岛群。要前往这些岛屿，首先需要击败精英四和冠军，随后在塞莉市镇与大木博士助手对话获得行船票，之后前往真新镇南部的海港乘坐海狮号渡轮。初始可探索的岛屿包括1岛、2岛和3岛，随着剧情推进会逐步解锁更多区域。每个岛屿都有独特的环境、任务和稀有宝可梦，是后期游戏内容的重要扩展部分。

1岛作为玩家接触七岛的第一站，主要承担引导功能，岛上设有火山洞穴和宝贝屋等关键地点。火山洞穴内可捕捉岩石属性和火属性宝可梦，而宝贝屋则提供宝可梦交换和小游戏活动。完成特定任务后，玩家可以从机械宅男比尔处获得七岛通行证，这是前往其他岛屿的必要道具。1岛还隐藏着红宝石等重要物品，这些物品对后续剧情发展有直接影响。

2岛以游戏厅和市集为特色，玩家可以在此参与各种小游戏获取奖励。该岛还涉及找回失踪女孩的支线任务，完成后可获得月之石等进化道具。3岛则拥有茂密的森林区域，栖息着草系和虫系宝可梦，同时设有训练师挑战区域。这两个岛屿在游戏进程中起到承上启下的作用，既延续主线剧情又为后续探索埋下伏笔。

4岛至7岛属于高阶探索区域，需要完成更多前置条件才能解锁。4岛以冰洞谜题为特色，玩家需要巧妙利用冰面滑动机制获取登瀑布技能；5岛可获赠波克比的蛋，并设有道具收集挑战；6岛南门需要斩树技能开启，内含重要剧情道具蓝宝石；7岛则是安侬和超梦的所在地，具有最高挑战难度。这些岛屿不仅地形复杂，野生宝可梦等级也显著提升，建议玩家做好充分准备再前往探索。

七岛系统极大地丰富了游戏的可玩性，每座岛屿都经过精心设计，既有独立生态又相互关联。从火山、森林到冰洞，多样化的环境孕育着150多种不同的宝可梦，其中不少是岛屿限定种类。合理规划探索路线，善用冲浪、登瀑布等秘传技能，将帮助玩家更高效地完成全图鉴收集。七岛之旅不仅是通关后的延续，更是对训练师综合能力的终极考验。