孵蛋功能是游戏后期的重要玩法之一，玩家需要将两只兼容的宝可梦放入培育屋才能产卵。孵蛋地点位于四之岛的精灵培育屋，该地点需要完成一周目主线剧情并获得船票后才能抵达。四之岛是通关后开放的区域，玩家需先击败四大天王并升级图鉴至386版，随后前往一号岛屿的码头乘船前往。

精灵培育屋的具体位置在四之岛中部，由一对老夫妇经营。玩家需将一雄一雌且属于相同蛋组的宝可梦寄放在培育屋中，经过一定步数后即可获得宝可梦蛋。需未发现群的神兽和部分特殊宝可梦无法繁殖，而蛋组的兼容性决定了能否成功产卵。培育屋同时提供宝可梦升级服务，每走一步可增加4点经验值，但取出宝可梦时需要支付相应费用。

获得宝可梦蛋后，孵化过程取决于步数积累。不同种类的蛋需要不同步数，例如小火龙蛋需要5120步。携带具有火焰体或熔岩装甲特性的宝可梦可显著加快孵化速度，这类特性能使孵化所需步数减半。玩家在移动时应注意队伍中首位宝可梦的特性配置，合理利用游戏机制提高效率。

四之岛除培育屋外还设有其他重要设施，如战斗塔和训练师区域。建议玩家在孵蛋期间同步完成这些地点的挑战任务。获取船票后，玩家可自由往返于各岛屿之间，利用飞行技能或港口船只快速移动。部分特殊技能如冲浪和攀瀑是探索四之岛周边区域的必备技能。

孵蛋系统为玩家提供了培养完美个体的途径，通过遗传机制可获得特定技能和优良个体值的后代。该系统需要玩家投入时间进行步数积累和属性搭配，属于游戏后期的深度玩法内容。掌握孵蛋地点和机制对完成全图鉴和组建对战队伍具有重要意义。